W wieży kościoła znajdują się małe okienka, dotychczas zabezpieczone przed dostępem ptaków siatką, z otworem umożliwiającym wlot nietoperzy. Takie rozwiązanie ma jednak pewne wady – do środka dostaje się dużo światła, a krawędzie siatki są niebezpieczne dla nietoperzy, które mogą zranić się podczas przelotu przez taki otwór. Dlatego okienka zyskały nowe, profesjonalne zabezpieczenie w postaci pomalowanych na ciemno korytek, skierowanych wylotem ku górze. W ten sposób ograniczony jest zarówno dostęp ptaków jak i światła. Zyskuje również wygląd okienek, z zewnątrz daje to efekt ciemnego wnętrza. Pochyłe korytka zmniejszają też możliwość wpadania do środka deszczu i śniegu.

Na strychu dokonano kilku dalszych zmian. Zamocowano folię ułatwiającą zbieranie guana, przepierzenia poprawiające warunki termiczne i redukujące dostęp światła oraz zapadnię, uniemożliwiającą dostęp do części pomieszczeń czworonożnym drapieżnikom. Takie urządzenie zespół projektu nazwał anty-kuną.

Kościół jest na planie krzyża, a w szczycie jego bocznych ramion, na strychu znajdują się dwa rzędy okien, wpuszczających do wewnątrz sporo światła. Aby poprawić warunki bytowania na strychu kilku gatunkom przebywających tu nietoperzy, zainstalowane zostały specjalne przesłony. Ekipa LIFE Podkowiec+ odnowiła okna i zainstalowała je w sposób umożliwiający wlot nietoperzom, blokując równocześnie dostęp światła.

Zabezpieczono także kilka wrażliwych miejsc przed wpływem guana. Dla nietoperzy przygotowano miejsca przyczepu – płytki kamienne, które jak pokazało doświadczenie z projektu LIFE Podkowiec+, są w niektórych warunkach preferowane przez podkowce, mimo obecności drewnianych, nie heblowanych powierzchni. Zainstalowano także schron, gdzie będzie gromadzić się cieplejsze powietrze, oferując schronienie przy zimnej pogodzie.

Ekipa projektu LIFE Podkowiec+ wykonała tu kilka adaptacji. Klasycznym już rozwiązaniem jest podwieszany schron różnicujący warunki termiczne i utrudniający dostęp drapieżników. Kilka miejsc przesiadywania podkowców zostało wyposażonych w kamienne kafle, co umożliwi im wybór odpowiedniego w danych warunkach termicznych miejsca przyczepu.

Dla eliminacji przeciągów i zbyt silnego oświetlenia zainstalowanych zostało kilka przesłon.

Żeby uniemożliwić nietoperzom przelot do innych pomieszczeń, a równocześnie zapewnić odpowiednią wentylację strychu, nad wejściem, które jest otworem w podłodze, zamontowana została klapa z siatką. Nad nią zainstalowano daszek zabezpieczający przed spadaniem guana.