Dla realizacji celów projektu przewidziano i wdrożono szereg zadań ochronnych, obejmujących remonty całych obiektów lub poprawę siedlisk w ich wnętrzach i otoczeniu, monitorowanie efektów i stanu populacji oraz tworzenie przyjaznego nastawienia do nietoperzy i ich obecności w pobliżu człowieka.

Działania dotyczące jakości schronień nietoperzy:

To działania ochronne i adaptacyjne, polegające na zabezpieczaniu stanu i trwałości stanowisk oraz wprowadzaniu adaptacji poprawiających warunki bytowe oraz bezpieczeństwo nietoperzy. W ramach projektu PODKOWIEC+ realizowane były m.in. remonty dachów, instalacje platform na guano, montaże osłon przeciw drapieżnikom, instalacje zabezpieczeń przed antropopresją, budowy przegród termicznych, a także wiele innych działań, służących zabezpieczeniu i polepszeniu warunków w jakich nietoperze przychodzą na świat i wychowują swoje młode lub zimują.

Działania dotyczące otoczenia schronień i tras przelotów:

Działania te obejmowały przygotowanie projektów przyjaznego dla nietoperzy zagospodarowania zieleni i organizacji oświetlenia w bezpośrednim otoczeniu ich schronień. Projekty powstawały z uwzględnieniem podstawowych funkcji i przeznaczenia obiektów, z założenia wymagały więc akceptacji gospodarzy obiektów i przyległych terenów. W fazie realizacyjnej na ich podstawie wykonywane były prace z dziedziny konserwacji zieleni, nasadzenia drzew i krzewów, a niekiedy również demontaż lub wymiana szkodliwego oświetlenia.

Działania promujące ochronę nietoperzy:

Działania te to m.in. propagowanie specjalnego znaku jakości – „Kraina Podkowca” przyznawanego organizacjom, firmom czy też instytucjom oraz „Złotego Podkowca”, medalu dla osób, które prowadzą działalność sprzyjającą ochronie nietoperzy i w sposób znaczący przyczyniają się do zachowania ich siedlisk. To także publiczne zaprezentowanie działań realizowanych w ramach projektu osiągane dzięki współpracy z mediami, organizacji wystaw i konferencji, udziałowi w lokalnych i krajowych wydarzeniach kulturalnych, publikacji materiałów promocyjnych itp.